根据宁委办发〔2019〕31号、宁编办复〔2022〕40号文件规定的相关职责，南京市人民政府外事办公室设9个内设机构。

（一）市委外事工作委员会办公室综合协调处。承担市委外事工作委员会日常工作；指导、协调、督促有关部门落实市委外事工作委员会作出的决定、部署和要求；组织制定我市对外工作中长期规划；研究涉外领域重点问题，综合研判国际形势对我市的影响，并就相关对外工作提出建议；统筹安排市委、市人大常委会、市政府和市政协领导同志的出访和国内外事活动事项；办理市各部门、区和单位报送市委外事工作委员会的有关外事问题的请示、报告；组织拟订外事工作相关政策规划；承担综合性外事调研工作；研究分析国际形势、国别政策及热点问题，为全市外事工作决策提供建议；承担信息工作。

（二）秘书行政处。负责机关日常运转，承担安全、保密、财务、干部人事、机构编制、劳动工资和教育培训等管理工作；指导全市外事人才队伍建设；负责离退休干部工作。

（三）出国来华管理处。负责全市因公出国（境）工作的归口管理、协调服务和监督工作；办理有关出访任务的报批手续；根据授权，审核或审批相关人员因公临时出国、因公临时赴港澳地区事宜；协助有关部门做好全市因公出国（境）团组廉政、国家安全和保密工作；根据授权，负责签证及因公护照、港澳通行证（签注）、APEC商务旅行卡办理和管理。

（四）美大处。研究分析美洲和大洋洲地区、国家的形势和政策动向；贯彻执行国家对主管地区、国家往来的政策；开展我市与主管地区、国家在经济和社会领域的交流与合作；制定并实施主管地区、国家的年度交流项目；承办主管地区、国家出访、来访有关事项；承担来我市访问的主管地区、国家党宾、国宾和其他重要外宾的接待工作；审核或审批友好城市间基层单位结好事项。

（五）欧非处。研究分析欧洲和非洲地区、国家的形势和政策动向；贯彻执行国家对主管地区、国家往来的政策；开展我市与主管地区、国家在经济和社会领域的交流与合作；制定并实施主管地区、国家的年度交流项目；承办主管地区、国家出访、来访有关事项；承担来我市访问的主管地区、国家党宾、国宾和其他重要外宾的接待工作；审核或审批友好城市间基层单位结好事项。

（六）亚洲处。研究分析亚洲地区、国家的形势和政策动向；贯彻执行国家对主管地区、国家往来的政策；开展我市与主管地区、国家在经济和社会领域的交流与合作；制定并实施主管地区、国家的年度交流项目；承办主管地区、国家出访、来访有关事项；承担来我市访问的主管地区、国家党宾、国宾和其他重要外宾的接待工作；审核或审批友好城市间基层单位结好事项。

（七）港澳事务处（多边合作处）：承担市委港澳工作领导小组办公室的日常工作；贯彻执行中央对香港、澳门的政策规定；制定并实施我市与港澳地区年度交流计划；推动我市与港澳地区在经贸、科教、文体等领域的交流与合作；参与协调我市驻港澳机构、企业的有关事务；承担我市与港澳民间交往的有关审核管理工作；会同有关部门处理港澳居民在我市的相关事务；承办主管地区出访、来访有关事项；统筹、协调、指导全市各领域开展多边交流与合作；负责以市政府名义主导创立的国际组织日常相关工作；负责全市国际会议的报批等工作。

（八）涉外管理处。承担管理来我市进行公务活动的境外机构及人员的来访工作；承办与外国驻华使领馆的交涉事宜；指导有关部门管理外国专家、留学生、进修生工作；承办授予外国人荣誉称号、名誉职务和给予重要奖励等有关工作；负责海外侨务工作；指导、协调、管理我市社会组织对外交往事宜；会同有关部门处理重要涉外事件和案件，协调指导我市境外机构、公民安全与合法权益保护工作；会同有关部门管理我市有关边境、口岸的外事和涉外事宜；指导参与有关涉外会谈、会晤工作；指导全市对外新闻交流工作；协助有关部门进行对外宣传和群众性外事教育工作；承担邀请、接待和管理外国常驻和临时来访记者工作；参与审核本地区重要涉外报道文稿；会同有关部门做好涉外参观单位的管理和联络工作。

（九）友协工作处。负责我市有关民间外事工作；开展与各国对华友好组织、社会团体和各界人士的友好交往工作，推动各领域的交流与合作；承担全市友好城市事宜的综合协调，办理缔结友好城市的报批手续；承担南京市人民对外友好协会的日常工作。

机关党委。负责机关和直属单位党群工作。